Uczęszczał do szkoły łacińskiej w Augsburgu. 1 maja 1503 r. rozpoczął studia na uniwersytecie we Fryburgu Bryzgowijskim, gdzie studiował filozofię i teologię m.in. u Jana Ecka. Z powodu braku środków finansowych przerwał studia i pracował jako nauczyciel. Jesienią 1510 r. ponownie podjął studia we Fryburgu, ale gdy Eck otrzymał powołanie na uniwersytet do Ingolstadt, podążył za nim. W 1512 r. zdobył tytuł doktora teologii i w następnych latach pracował tam jako nauczyciel uniwersytecki i ksiądz.

W 1516 r. powołano go na katedrę w Ratyzbonie, gdzie jako świetny mówca uzyskał wielkie poważanie. Do tego czasu Hubmaier był żarliwym obrońcą wiary katolickiej. Wpływ pism Marcina Lutra spowodował, że w jego kazaniach pojawiały się coraz częściej wypowiedzi reformacyjne, co uniemożliwiło jego dalszy pobyt w Ratyzbonie. W 1522 r. znalazł schronienie w Waldshut, gdzie został księdzem w kościele Marienkirche. Od 1523 r. zaczął występować w Waldshut oraz w Szwajcarii jako zwolennik Ulricha Zwingliego. Od 26 do 28 marca 1523 r. brał udział w drugiej dyspucie religijnej w Zurychu, podczas której przedstawił zasadę posłuszeństwa Pismu Świętemu, pisząc: „We wszystkich sporach dotyczących wiary i religii, same Pisma, pochodzące z ust Bożych, powinny być naszym poziomem i regułą”. Ponadto wypowiedział się na temat niewłaściwej praktyki czczenia obrazów, jak również o konieczności prowadzenia mszy w języku niemieckim i udzielaniu Wieczerzy Pańskiej pod dwoma postaciami (chleba i wina). Po powrocie do Waldshut opublikował pismo „Osiemnaście mów dotyczących całego życia chrześcijańskiego”. W maju tegoż roku, dzięki jego działalności, w mieście wprowadzono oficjalnie naukę ewangelicką, przez co miasto popadło w konflikt z austriackimi władzami zwierzchnimi, które zażądały jego wydania jako heretyka. Wprawdzie obywatele miasta chcieli go chronić, ale w sierpniu udał się do Schaffhaufen, gdzie uzyskał azyl. Przypuszczalnie z tego okresu pochodzi jego pismo „O kacerzach i ich spalaniu”, w którym osądził gwałty dokonywane na tzw. kacerzach (osobach wyznających wiarę protestancką). Z końcem października 1524 r. wrócił do Waldshut. Zniósł tam całkowicie mszę, ornaty, usunął krzyże i obrazy. Jego reformy były podobne do tych dokonywanych przez Ulricha Zwingliego, a w piśmie z tegoż roku nazwał siebie „bratem Ulricha Zwingliego w Chrystusie”.